1. 建立git账户12adduser gitpasswd git 然后设置git账户的权限，之后ssh进入git账户。 2. 建立仓库和设置hooks新建目录 12mkdir blog.git #仓库mkdir test #测试 进入 blog.git目录 123git init --barecd blog.git/hookstouch post-receive && vim post-receive 在里面输入 1234567891011#！/bin/sh#DIR_ONE=/home/git/testDIR_TWO=/home/clock/blog#git --work-tree=${DIR_ONE} clean -fdgit --work-tree=${DIR_ONE} checkout --force#git --work-tree=${DIR_TWO} clean -fdgit --work-tree=${DIR_TWO} checkout --force 保存后设置权限chmod ...

1. 简述冲击图 看文献的时候，从一篇文章中（Tumor Microenvironment Characterization in Gastric Cancer Identifies Prognostic and Immunotherapeutically Relevant Gene Signatures， DOI: 10.1158/2326-6066.CIR-18-0436）看到这种图，觉得很清晰，分类情况一目了然，感觉是一个很有用的图。于是就百度了一下这个Alluvial diagram，叫冲击图或者桑基图。 Alluvial diagram of TME gene clusters in groups with different ACRG subtypes (EMT, MSI, MSS/TP53w, and MSS/TP53m), TMEscores, and survival outcomes.  Alluvial diagram是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变化。 ggalluvial是一个基于 ...

1. 获得免疫浸润细胞组分的数据如果是TCGA的数据，可以从TCGA网站获得计算好的免疫浸润细胞分数的数据，https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/panimmune。或者从cibersort网站利用自己整理好的数据进行计算，得出CIBERSORTx_Results。免疫细胞的名称可以调整也可以不用修改，检索出来的文章两种方式都有。 2. 数据整理获得样本免疫细胞浸润分数的数据之后，下一步就是要根据自己的需要分组，然后再比较分组之间的差异。这里使用的是根据COX2基因log2TPM数据的中位数分组，分为高表达和低表达组。然后进行绘图。 123456789101112rm(list = ls())library(tidyverse)load("log2_tpm_data.Rdata")#cell_prop <- read_csv("CIBERSORTx_Results.csv")#read_csv不会使列名的-变为.，但是得出的数据是tibble，如果需要改行名，还需要转换为data.fr ...

安装完image J，打开一张要量化的图片。 Image –> Type -> 8-bit, 将图像转换为8-bit的灰度图片；Image-> Invert，黑白反转，得到如下图片 Analyze –> Calibrate –> function选择Uncalibrated OD，勾选左下方Global calibration。 点击选择方形选框工具，按住左键，在图片上拖动，选择需要分析的条带区域，如图中蓝色方框所示。 键盘上按数字1，弹出如下提示框，点Yes，再键盘上按数字3，得到如下： 峰的面积即灰度值。工具栏中选择直线工具——Straight，下图最右边的为直线工具，按住Shift键使用直线工具画竖线将步骤4的峰进行分割：  点击选择魔棒工具，然后分别点击每个峰的下方区域，然后就会弹出各个峰面积的结果，分别与条带的灰度值对应，表示条带所代表的蛋白的表达水平。 再通过对beta-actin进行量化的比值，标准化计算得到该Western Blot检测蛋白的量化结果。参考：https://www.sohu.com/a/319827766_652735 ...

 之前发布文章非常原始，本地先编辑好文章，准备好图片。然后登陆云服务器，复制到相应的文件夹中，然后在hexo g。实在是太麻烦了，而且很慢，写完一篇文章到发布非常费时。然后就百度：如何优雅的发布hexo文章，找到了一篇文章：如何优雅地发布Hexo博客，觉得很适合我，于是就对这操作了一番，终于可以比较“优雅”一点了。具体部署如下： 1. 安装hexo admin插件1npm install --save hexo-admin 2. 配置hexo-admin账号密码在hexo的_config.yml配置hexo-admin： 12345admin: username: biozhong password_hash:********************* secret: ***************** deployCommand: './hexo-generate.sh'  secret不能设置的太简单，纯数字的那种是通不过的，跟hexo博客使用hexo-admin插件管理文章描述的一样，输入复杂一点的字符组合，后面就不会出现问 ...

 DBF文件是由Foxbase,Dbase,Visual FoxPro等数据库处理系统所产生的数据库文件。目前有dbase II III IV三种常见类型，版本号不同epidata只支持 dbase III。 1. 数据导出 epidata软件中的 数据导入/导出选项 –> 数据导出 –> 导出为DBF文件 –> 选择相应的rec文件导出数据 –> 确定。 2. 数据导入第一步：  可以先试着输入一两条数据，然后按照数据导出的方法得到一个dbf文件，再用excel打开此dbf文件，将需要导入的数据整理好，再保存文dbf III文件（excel 2003里面的另存为的这个格式，注意是III，excel 2007 与excel 2010均无此功能）。可以利用SPSS SAS等软件另存为 III型DBF文件。  注意excel源文件里面的首行变量，下面的数据格式要统一，日期格式统一采用yyyy-mm-dd或者欧洲日期等。 第二步：  使用epidata的数据导入功能，导入，日期采用你选择的日期。 第三步： &emsp ...

 用ImageJ的来为图片上的粒子（Particles）计数，这里的粒子可以是细胞、克隆、孢子、菌落、病斑等。这次我计数的是克隆形成的结果。 一、 单张图片处理的流程 通过FileOpen打开需要计数的图片，然后调整图片为8位的灰度图：Image –> Type –> 8-bit。 通过Image –> Adujust –> Brightness/Contrast稍微给图片增加些对比度，这里不手动调了，点Auto即可。 然后，通过Image –> Adujust –>Threshold调整阈值，这里我设置的是0-155。 由于边界及培养皿外部的干扰，我们用圆形工具将需要计数的区域圈出来。 接下来，计数.通过Analyse –> Analyze Particales进入分析粒子窗口，设置“粒子“为50-1000，Show中选择Outlines，以外轮廓的形式显示“粒子”并为粒子编号；勾选Summarize，点击OK，即完成计数过程。结果如下： 以上是单个图片的处理过程，通常我们需要处理十几张或几十张的图片，这个时候 ...

1. 软件下载和安装（略）2.准备数据集 使用excel准备数据集（这里用的是R语言对芯片数据或者测序数据进行差异分析的结果），如下  左边为基因转化好的基因symbol，右边一列为排序的值，这里为基因差异分析的log2FoldChange值，然后另存为制表符分隔的文本文件。保存后，将其后缀改为**.rnk**这样数据就准备完毕。 3. Load data 将准备好的preranked数据集以及下载好的.gmt文件（也可以用在线的）加载到软件。 4. GSEA分析 使用Run GSEAPreranked 工具进行分析。如果数据集有正常载入，就可以在Ranked List中找到准备好的排序的数据集了，然后选择其他参数，点击下方的三角形run按钮，就可以开始分析了。在软件左侧的GSEA reports栏中出现success，表示运行结束，点击success可以查看结果报告了。 5. 与使用R语言分析的结果比较 ID enrichmentScore NES pvalue Qvalue R HALLMARK_P53_PATHWAY -0 ...

 实验室有一台新的中低通量磁珠提取系统（KingFisher Duo Prime）， 基本上没人用过。培训已经是一年前的事情了。前段时间买了一个天根的磁珠法提取RNA的试剂盒（DP761），最近要提培养细胞的RNA，于是拿来试了一下。以前用的是Trizol，氯仿貌似不好买；另外，试剂毒性较大。  昨天花了一个多小时折腾仪器，程序怎么设好，还是没怎么搞明白。晚上从官网的方案里找了一个程序：A27828_DUO_Tissue_Cells.bdz。按照这个方案，根据天根的说明书改了一下程序。跑了第一遍，中间出现好几个问题。 (1) 最开始样品加成了竖排了，看着磁棒套傻眼了； (2) 磁珠都没有混匀就往上加了，有一孔磁珠很少（后来发现不是这样的，是因为磁珠拿起来的时候，上面会沾了磁珠，所以管子里面的量就会看着不一样）； (3) 把sample-lysis加到A孔了，Elution Buffer加到G孔，最后才发现只有A孔是可以加热的。 (4) 最后溶解RNA到ddH2O中的时候，液体比较少，我加了50 uL,磁珠有残留，不能够完全洗 ...

1. Copy analysis to group 设置好对照组的门或者十字门之后，右键选择copy analysis to group，就可以把设置的门应用到所有的样本中去了，而且条件是一致的。 2. 调节坐标轴参数 打开一张图，可以看到横坐标和纵坐标都有一个T，点击T –> Customize axis…  Scale选择log或线性，点击上面的加号或减号就可以调整坐标轴的始末大小了，然后点击apply即可。 3. 设置细胞凋亡双染四个象限的颜色 选择Layout（这是一个很有用的功能，排版布局很方便，也有一些很炫的操作），将双染的图和各个象限的图一次拖到layout的界面中，就可以显示出不同象限不同颜色的图了，然后自己可以根据需求调整颜色。  其中，上面有一个create batch report的按键，可以一键将所有的样本（设门后的图）批量绘制成上图的效果；而且，更改原图的设置后，layout中的图也会相应的更新，再也不用担心图片调来调去的麻烦了，省时省力省心  FlowJo使用2天的心得，由于样本的问题（ ...