ggpartten填充柱状图
1. 安装ggpattern包123456# 设置清华镜像options(repos =structure(c(CRAN ="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))# remotes安装ggpatterninstall.packages("remotes") #ggpattern未托管在CRAN上,使用remotes::install_github安装remotes::install_github("coolbutuseless/ggpattern")
如果remotes方式安装失败,可以从github直接下载zip文件,使用yulabs的install_zip安装,但是要先安装依赖包
1234# remotes方式安装失败,从github直接下载zip文件,使用yulabs的install_zip安装,但是要先安装依赖包install.packages(c("gridGeometry", "sf", "png" ...
Citavi使用笔记(二)
Citavi使用笔记(二)1. 关于group/category之前我一直用category来将文献分组,但是自从看了官网的介绍后,对于group和category的使用有了新的体会。group更适用于将文献分组(虽然group和category都可以将文献归为不同的分组或分类)。而category更适合用来组织文章的结构。比如,我想要写一篇综述,就可以建一个category的大纲,有章节标题,小标题等。
类似这样的大纲:
(图片来源于citavi中文论坛网:http://forum.softhead-citavi.com/t/588?ip=1)
然后阅读文献之后将文献的quotations归类到相应的category章节标题下面,然后在knowledge里面,就可以找到category目录结构和对应标题的quotations内容了。
通过这种方式,我们就可以很好的组织自己的文章了。
2. 对于quotations的理解之前,我写的是针对于看文献的quotations用法,直接引用、间接引用、summary等。这里对应category的新理解,调整了对于quotations的用法。 ...
pandoc+typora实现markdown写论文的尝试
pandoc+typora实现markdown写论文的尝试pandoc可以用于文档格式转换,可将markdown格式的文件转换为docx。个人感觉,使用markdown的时候,可以更加专注于写作。网上也有教程说用markdown写论文,然后用pandoc转换为docx的教程。
文献引用写作没有问题,图表也都OK,但其中一个重要的问题是引用。如何引用文献?我觉得这是首要解决的问题,因此放在最前面。
说明:本人markdown软件使用的是typora,软件本身支持通过pandoc转换为docx,但是不支持其他代码。前提是要安装好pandoc软件。
方法一:如果文献管理软件使用的是Endnote,那很简单。直接在Endnote软件里找到需要引用的文献,然后ctrl + c复制,在typora里相应位置粘贴,{Booth, 2002 #132},这种显示,就可以了。然后导出为.docx,通过Endnote更新参考文献,就可了。
方法二:如果使用citavi为文献管理软件,需要通过将文献目录导出为. bib。这个需要设置对options –> citation –> 勾选Latex ...
SMART计划原则
2021年上班第一天,又到了年初立flag的时候了。抽屉里面放了几年前从哪一本书上摘抄下来的SMART计划原则,拿出来复习一下。
SMART计划原则S:specific——凡事都要具体化 小到每件事情都能掌握的程度。
M:Measurable——可以量化的 把每件事情都量化呈现。
A:Action-oriented——一切以行动为导向 明确列出如何达到目标。
R:Realistic——实际可行的 所有写下来的执行步骤,一定是明确可行的。
T:Timely——规划时间 给予目标合理的时间来完成,设定deadline。
把要做的事情写下来,把写下来的事情做完。开工,2021!
ggprism实现GraphPad prism的图
早上看到Y叔推文用ggplot2出GraphPad prism的图。我虽然喜欢ggplot,但是文章的最终出图很多还是用graphpad prism来做的,但是要统一风格和各种设置,每次都要调整很久。如果能够用R来达到跟prism相似的效果,那就可以直接用R了。先来试试看。
安装ggprism:
1remotes::install_github("csdaw/ggprism")
推文举的例子123456789101112library(ggplot2)library(ggprism)library(patchwork)p1 <- ggplot(ToothGrowth, aes(x = factor(dose), y = len)) + stat_summary(aes(fill = factor(dose)), na.rm = TRUE, geom = "col", fun = mean, colour = "black", size = 0.9) + scale_y_continu ...
removebg+python实现自动换寸照底色
1. 从Removebg获得API登录Removebg网站,注册,然后获得API。免费用户可以免费获得50张预览图的使用,对于证件照这种100kb级别的图片来说,预览图已经足够了。
2. python实现自动化首先安装模块:
1pip install removebg
抠图只需要三行代码:
123from removebg import RemoveBgrmbg = RemoveBg("WZ2QKfAN9PPxxxxxx", "error.log") # 引号内是获取的APIrmbg.remove_background_from_img_file("D:/Desktop/1.jpg") #图片地址
之前我就使用这个帮整个办公室换了几十张寸照的底色。(上次去照相馆打印寸照,说换底要加10块,黑心商家!)
但是感觉还是不够方便,扣完的图是png格式,然后每次还要上Photoshop去加个背景色。总想着一键换底这种神操作。
对于python小白来说,这并不是那么简单,之前想通过openCV,太复杂,不会。今天终于让我找到一个简单 ...
WGCNA:an R package for weighted correlation network analysis
Title: WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis
Journal: BMC Bioinformatics
Year: 2008
DOI: 10.1186/1471-2105-9-559
【Abstract】
Background: Correlation networks are increasingly being used in bioinformatics applications. For example, weighted gene co-expression network analysis is a systems biology method for describing the correlation patterns among genes across microarray samples. Weighted correlation network analysis (WGCNA) can be used for finding clusters (modules) of ...
Citavi使用笔记
1. 安装安装了一个6.3的版本,#¥%#%……,之后不会受到100条记录的限制。
2. 建立本地project一开始就乖乖注册登录,然后建立一个云端project,发现同步还是有点慢的。于是删除了云端的Projects。替换的方式是在本地建project,放在坚果云里面,这样就不会受到本地项目的限制,可以在多台电脑打开修改。
3. 参考文献的引用引用的方式,需要在word里面选择项目。中文的通用格式可以在线搜搜索。
4. Citavi picker这个好用。打开浏览器(我用火狐),可以在右上角发现citavi picker这个插件。用浏览器打开pubmed可以通过picker将需要的文献导入软件。正常文献的后面都有显示红色的小逗号,点击就可以将文献导入到citavi。
5. 关键词(Keywords)导入文章的时候会提示将文章的关键词导入到keywords。有教程提到说可以将这里的Keywords理解为标签。从它的符号来看,好像是这么回事。
6. Contents里面有Abstract、Table of contents和Evaluation三项。
目录(Table of co ...
读文献:GIPC调节通过整合素b1调节IGFBP3促进体外肝星状细胞迁移和体内门静脉高压
GIPC调节通过整合素b1调节IGFBP3促进体外肝星状细胞迁移和体内门静脉高压
文章标题:GIPC-Regulated IGFBP-3 Promotes HSC Migration In Vitro and Portal Hypertension In Vivo Through a b1-Integrin Pathway 期刊:Cellular and molecular gastroenterology and hepatologyDOI:10.1016/j.jcmgh.2020.05.005 Pubmed ID: 32447051
SummaryInsulin-like growth factor binding protein-3 is a transforming growth factor-b–responsive gene that is regulated
transcriptionally by GAIP interacting protein C-terminus. It promotes hepatic stellate cell m ...
typora + hexo博客中插入图片设置
今天想要用typora来写博客,因为好不容易弄好了git的操作。但是typora有一个问题,就是图片路径的设置问题,总是解决不了。我之前是在source目录下的img里面放置图片。用hexo server在线写博客的时候没有这个问题。
按照这个博客的设置来,终于是解决了。ypora + hexo博客中插入图片
typora偏好设置:
这样的话所有的博客中的图片都将会保存到 /source/images/该博客md文件名/图片名称
接下来更改相对图片路径: 格式-->图像-->设置图片根目录,将hexo/source作为其根目录即可。
文章里面会多出一条代码typora-root-url: ..,不能删除。
搞定。