Image J进行细胞计数批量化操作

 用ImageJ的来为图片上的粒子（Particles）计数，这里的粒子可以是细胞、克隆、孢子、菌落、病斑等。这次我计数的是克隆形成的结果。

一、 单张图片处理的流程

1. 通过FileOpen打开需要计数的图片，然后调整图片为8位的灰度图：Image –> Type –> 8-bit。
   

2. 通过Image –> Adujust –> Brightness/Contrast稍微给图片增加些对比度，这里不手动调了，点Auto即可。

3. 然后，通过Image –> Adujust –>Threshold调整阈值，这里我设置的是0-155。

4. 由于边界及培养皿外部的干扰，我们用圆形工具将需要计数的区域圈出来。

5. 接下来，计数.通过Analyse –> Analyze Particales进入分析粒子窗口，设置“粒子“为50-1000，Show中选择Outlines，以外轮廓的形式显示“粒子”并为粒子编号；勾选Summarize，点击OK，即完成计数过程。结果如下：
   

以上是单个图片的处理过程，通常我们需要处理十几张或几十张的图片，这个时候批量的操作将会给我们带来非常大的便利。

二、 批量操作

1. 通过宏记录器 plugins –> Macros –>Record，将上面的处理过程记录下来。
   得到类似以下的结果:
   
   将其保存为宏文件。
2. 通过Process –> Batch –> Macro，打开保存的宏文件， input为需要计数的图片所在的文件夹，output可以保存计数的图片，如下：
   
   最后，可以从summary的窗口里面的到每一张图的计数结果了。大功告成！

以上内容为个人整理，参考教程：

ImageJ实用技巧——宏记录器(解放双手篇)https://zhuanlan.zhihu.com/p/55655493

如何用ImageJ进行细胞计数？https://www.sohu.com/a/198558299_278730

Image J下载地址：https://downloads.imagej.net/fiji/latest/fiji-win64.zip